南京市花卉公园管理处直属于市文化和旅游局，目前共有职工 800 余人，是一家以公园建设、景观环境设施维护与管理、文物保护职能为主的正处级公益二类事业单位。

花卉公园管理处现设有办公室 (工会)、财务部、组织人事部、规划建设发展部、安保部、纪委(监察室)共 6个部室，下辖大钟亭公园、神策门公园、伊刘园景园容中心、伊刘花卉中心、资产管理中心、文旅产业发展中心共 6 家直属单位。

南京市花卉公园组建于 2016 年，由原南京市园林实业总公司改制而来，南京市园林实业总公司的前身南京市种苗场成立于1950 年，1959 年更名为南京市花木公司(以苗木生产为主的全额补贴市属县团级事业单位)。1992 年，南京市花木公司更名为南京市园林实业总公司(为自收自支的企业化管理事业单位)。